Pesantren (atau pesantrian) adalah sebuah lembaga pendidikan Islam tradisional yang para siswanya tinggal bersama dan belajar di bawah bimbingan guru yang lebih dikenal dengan sebutan kiai dan mempunyai asrama untuk tempat menginap santri. Santri tersebut berada dalam kompleks yang juga menyediakan masjid untuk beribadah, ruang untuk belajar, dan kegiatan keagamaan lainnya. Kompleks ini biasanya dikelilingi oleh tembok untuk dapat mengawasi keluar masuknya para santri sesuai dengan peraturan yang berlaku.
Pesantren juga dapat dipahami sebagai lembaga pendidikan dan pengajaran agama, umumnya dengan cara nonklasikal, di mana seorang kiai mengajarkan ilmu agama Islam kepada santri-santri berdasarkan kitab-kitab yang ditulis dalam bahasa Arab oleh Ulama Abad pertengahan, dan para santrinya biasanya tinggal di pondok (asrama) dalam pesantren tersebut.
Maraknya kasus pencabulan dan kekerasan di dalam lingkungan pesantren, sebagaimana salah satunya kasus Herry Wirawan, seorang guru pesantren yang memperkosa belasan santriwati-nya dan menyebabkan sembilan dari mereka hamil dan melahirkan, telah memicu sejumlah kritikan terhadap lembaga pendidikan agama ini. LPAI, diwakili oleh Seto Mulyadi mengajukan adanya pengkajian ulang terhadap sistem pembelajaran di pesantren yang terkesan eksklusif dan tertutup. Sedangkan Muhammadiyah meminta supaya pengawasan dan pembinaan terhadap pesantren agar lebih diperbaiki lagi.
Homoseksualitas juga diketahui bermunculan di pesantren-pesantren yang memisahkan laki-laki dan perempuan. Sejumlah istilah homoseksualitas pun berkembang di lingkungan pesantren, seperti mairil (perilaku kasih sayang kepada sesama jenis) dan nyempet (aktivitas pelampiasan seksual dengan kelamin sejenis yang dilakukan seseorang ketika hasrat seksualnya sedang memuncak). Kurangnya kontak dengan lawan jenis dalam waktu yang lama dianggap sebagai salah satu penyebab terjadinya fenomena ini. (wikipedia)